Después del prestigio y la gloria tras la conquista y el sometimiento de Tenochtitlan, vino el declive. Hernán Cortés no pudo repetir la hazaña ni en la expedición a Las Hibueras, que resultó desastrosa, ni en los descubrimientos de las nuevas tierras en las Californias y los entonces llamados Mares del Sur, los cuales fueron atribuidas a otros.

A pesar de sus títulos, mayorazgos, posesiones y riquezas la corona nunca le dio el poder. Además el conquistador se enemistó con los miembros de la Audiencia y, por si fuera poco, también peleó con el primer virrey, don Antonio de Mendoza.

Superó los acosos del juicio de residencia y mediante buenos oficios de amigos y dádivas cuantiosas, se le respetaron en España los privilegios obtenidos, las tierras otorgadas y los miles de esclavos indígenas asignados.

A fin de exponer directamente al rey y al Consejo de Indias sus querellas y agravios, don Hernando reunió todo el oro posible y viajó a España a fines de diciembre o en enero de 1540. Se le recibió con frialdad y su amistad con el presidente del consejo y con el secretario del rey no bastaron para devolverle el favor real. En la corte, en la audiencia y en el Consejo de Indias comenzó a ser visto, más que como un servidor distinguido de la corona, como un gestor insistente e incómodo.

Don Hernando fue el siervo más fiel de la corona; y tan lo fue que acompañó a Carlos V en su fracasada aventura contra Azan Agá quien gobernaba Argelia. Cortés se alistó en esa aventura con sus hijos Martín y Luis, de 18 y 9 años de edad respectivamente y se le asignó el mando de la galera Esperanza, de don Enrique Enríquez.

España organizó una enorme armada con 12 mil marinos y 24 mil soldados alemanes, italianos y españoles en 64 galeras y 450 barcos diversos que se reunieron en las Baleares. Para encabezar la acción el emperador llegó el 13 de octubre de 1541 en navíos del experimentado marino Andrea Doria quien intentó convencerlo de que aquella era mala época por los vientos cruzados y tormentas, pero no lo logró.

El 24 de octubre se inició el desembarco para el sitio de Argel pero esa noche llovió tanto que se mojaron la pólvora y las armas. Los argelinos aprovecharon para atacar a la mañana siguiente a los sitiadores cuando muchos de los españoles ni siquiera habían desembarcado. Algunos de éstos huyeron pero los alemanes, alentados por el emperador atacaron a turcos y moros. La tormenta arreció y arrojó contra la costa 150 navíos cuyas provisiones y armas quedaron destruidas.

Carlos V convocó a un consejo de guerra que decidió levantar el cerco y ordenar la retirada general. Cortés, que no fue convocado al consejo de guerra, protestó y aseguró que podía conquistar Argel con sólo un reducido contingente. Su opinión, compartida por otros capitanes era posible pues se estaba a las puertas de la ciudad con escasos defensores, pero no fue tomada en cuenta.

El reembarque de las tropas, con tormenta y ataques de los argelinos, fue catastrófica. La galera del emperador se averió y tuvo que ser reparada en Bujía y sólo pudo llegar a Cartagena hasta principios de diciembre.

Cortés y sus gentes tuvieron qué embarcarse entre la confusión, el fango y la lluvia. Y según su capellán, Francisco López de Gómara, que lo acompañaba, llevaba en un paño cinco riquísimas esmeraldas valuadas en cien mil ducados, las cuales se le cayeron por un descuido o necesidad y se le perdieron entre los grandes lodos y en medio de la multitud que huía.. .

Después de esa, su última aventura, el antiguo conquistador pareció hundirse en el desaliento; dejó de pleitear ante el Consejo de Indias por sus causas pendientes y se concentró en la redacción de las últimas tres grandes cartas que dirigió a Carlos V en 1542, 1543 y 1544 para recordarle cuánto había hecho, reclamarle su relegación e intentar mover el real ánimo en su favor.

La amargura campea en esas cartas; Cortés trasluce en ellas cómo se le han desvanecido el poder y la gloria y ha venido a convertirse sólo en un litigante molesto. “véome viejo y pobre y empeñado en este reino en más de 20 mil ducados sin más de ciento otros que he gastado de los que traje (.. .) no tengo ya edad para andar por mesones, sino para recogerme a aclarar mi cuenta con Dios, pues la tengo larga y poca vida.. . y será mejor dejar perder la hacienda que el ánima.. .”

No hay seguridad de que Carlos V haya leído la carta. Su secretario, Francisco de los Cobos anotó al margen: “No hay qué responder”

La triste situación de Cortés en estos sus últimos años la pinta una anécdota que cuenta Voltaire. Un día Cortés, no pudiendo tener audiencia del emperador se abrió camino por entre la multitud que rodeaba la carroza del monarca y subió al estribo; y que preguntando Carlos V ¿quién era aquél hombre? Cortés replicó “el que os ha dado más reinos que ciudades os dejaron vuestros padres”.

A su vez el gran historiador de la conquista, José Luis Martínez expone que “a Hernán Cortés, que fue un político excepcional, le faltó comprender que era necesario echarlo a un lado para que su conquista se convirtiera en un nuevo Estado y no sólo en su posesión”.

La noche del 2 de diciembre de 1547 murió, devastado su cuerpo por la disentería, Hernán Cortés en Castilleja de la Cuesta, un villorrio cercano a Sevilla después de tener un serio disgusto con su hijo Luis, quien le comentó que proyectaba casarse con Guiomar Vásquez de Escobar, sobrina de Bernardino Vásquez de Tapia, antiguo enemigo del conquistador lo que le provocó un acceso de ira que a su edad, tenía 62 años, le fue mortal.